Das St. Josefskrankenhaus Freiburg blickt auf eine mehr als 130 Jahre traditionsträchtige Geschichte zurück: 1886 von den Ordensschwestern des Ordens der Barmherzigen Schwestern vom hl. Vinzenz von Paul gegründet, hat sich das St. Josefskrankenhaus im Verlauf des letzten Jahrhundets zum renommierten "Stadtkrankenhaus" der Grund- und Regelversorgung mit 282 Planbetten entwickelt.
Bei der Eröffnung im Februar 1886 verfügte das St. Josefskrankenhaus zunächst über eine chirurgische Privatklinik sowie eine Gynäkologie mit Geburtshilfe. 1912 und 1913 folgte der Bau eines ersten Erweiterungsgebäudes, welches Platz schaffte für eine ergänzende Abteilung für innere Medizin, einen Operationssaal, eine Röntgeneinrichtung und Ambulanzen. Auch die seit Beginn bestehende Lehre und Ausbildung entwickelte sich schnell vom Krankenkurs zur Krankenpflegeschule und wurde 1920 staatlich anerkannt.
Während das St. Josefskrankenhaus im ersten Weltkrieg als Lazarett genutz wurde, diente es im zweiten Weltkrieg der Versorgung der Zivilbevölkerung - ehe es beim Bombenangriff vom 27. November 1944 zu großen Teilen zerstört wurde (lediglich die grün geflieste Eingangshalle blieb unbeschadet). Das zerstörte Josefskrankenhaus wurde bis 1951 wurde vollständig augebaut, das traditionsreiche Mutterhaus und die Mutterhauskirche folgten im Anschluss. Durch den Bau des neuen Ergänzungsneubaus "Gartentrakt" konnten die bestehenden 101 Betten erneut um 60 Betten erweitert werden.
1978 wurde ein Funktionstrakt angegliedert und Umbaumaßnahmen im Bestand vorgenommen. Das Ergebnis dieser Maßnahmen waren vier neue Operationssäle, moderne Sanitärbereiche, eine neue Intensivstation mit sieben sowie eine Pflegestation mit 24 Betten. 1980 übernahmen die Schwestern die Trägerschaft über das Kinderkrankenhaus St. Hedwig. Das Josefskrankenhaus wurde bis Ende 1988 um 69 Betten erweitert, von denen 48 in einer Pädiatrie standen, deren angeschlossene Neugeborenenstation 8 Betten umfasste. Es entstand eine Liegendanfahrt mit Notfallaufnahme, eine Cafeteria im Dachgeschoss, ein Reflektorium für die Ordensschwestern und eine Tiefgarage mit 109 Plätzen. Die Marienapotheke, deren Wurzeln in das Jahr 1875 zurück reichen, wurde integriert. Mit Einweihung des Ergänzungsneubaus wurde St. Josefskrankenhaus vermehrt zum zentralen Notfallkrankenhaus ausgbaut.
Mit der Gründung der RKK gGmbH im Jahr 2000 bündelten der Orden der Barmherzigen Schwestern vom hl. Vinzenz von Paul, die Kongregation der Schwestern vom hl. Josef Kloster St. Trudpert, die Schwesternschaft St. Elisabeth und die Kongregation der Franziskanerinnen Erlenbad e.V. ihre Interessen, um die Zukunft ihrer kirchlichen Krankenhäuser und die damit verbundene christliche Wertorientierung nachhaltig zu sichern. Zu diesem Zweck brachten sie ihre bis dahin eigenständigen Krankenhäuser - das St. Josefskrankenhaus, das Loretto-Krankenhaus und das St. Elisabeth-Krankenhaus in Freiburg sowie das Bruder-Klaus-Krankenhaus in Waldkirch - unter dem neu gegründeten Dach des „Regionalverbundes kirchlicher Krankenhäuser (RKK) gGmbH“ zusammen. Mit Einweihung des Ergänzungsneubaus am St. Josefskrankenhaus im Jahr 2012 wurde das St. Elisabeth-Krankenhaus in dieses integriert. Das Bruder-Klaus-Krankenhaus Waldkirch ging zum 1. April 2019 als BDH-Klinik Waldkirch (gemeinnätzige GmbH) in die Trägerschaft des Bundesverband Rehabilitation (BDH) e. V. über.
Im Oktober 2020 gingen das Loretto-Krankenhaus und das St. Josefskrankenhaus in die Trägerschaft der Artemed Klinikgruppe über. 2021 erfolgte nach der Übernahme die Umbenennung in Artemed Kliniken Freiburg (AKF). „Wir übergeben die Häuser an einen Träger, der unsere christlichen Werte teilt und bereit ist die für die langfristige Sicherung des hochmodernen Klinikbetriebs erforderlichen Investitionen zu treffen“, freute sich der Aufsichtsratsvorsitzende Prof. Dr. Heinzpeter Schmieg. Mit viel Weitblick wird seitdem das inhaltliche Spektrum des St. Josefskrankenhauses kontinuierlich weiter ausgebaut - ohne gleichzeitig die jahrhundertealte Tradition der christlichen Zuwendung aus den Augen zu verlieren.